商业秘密与专利作为企业保护其技术成果的有效方式在企业技术管理战略中起着举足轻重的作用，选择适当的方式将有利于企业发展。应当综合考虑这两种保护方式在保护内容、获取方式、保护期限和维权成本等方面的差异以及该项技术成果本身的独创性、实施后的经济效益等多种因素，做出较为理性的选择。而不顾实际情况盲目选择则可能导致丧失自身优势，在竞争中处于不利地位。
1 是否符合专利条件
首先评估该项技术是否符合专利的条件，能否获得专利。如果不符合专利的条件，但符合商业秘密的构成要件，则该项技术只能采用商业秘密的保护方式。 如果符合专利的要求，则可以根据其它因素，决定选择专利还是商业秘密保护。
2 保密措施的成本
评估可以采取的保密措施以及保密措施的实施成本，如果没有有效的保密措施，或者保密措施的实施成本过高，超过技术的经济价值，则不宜采用商业秘密保护。
3 反向工程的难易程度
反向工程是指通过对产品进行解剖和分析，从而得出其构造、成分以及制造方法或工艺。由于商业秘密并非一项独占性权利，任何第三人基于合法劳动或其他正当手段均可获得商业秘密，反向工程即为合法获取商业秘密的主要方法之一。如果一项技术成果，很难或不可能通过反向工程获得，那么，企业可考虑以商业秘密的形式对其进行保护；相反，如果一项技术成果很容易通过反向工程破译，则商业秘密保护将失去其应有价值，此时可考虑将技术成果以专利形式进行保护。一般情况下，生产方法和工艺不易被反向工程，但是公开销售的产品就很容易被他人利用反向工程破译。
4 独立研制的难易程度
如果该项技术的研制开发不是很困难，竞争对手或他人也有可能独立研制出同样的技术，影响自己的竞争优势，则不宜采用商业秘密的保护方式。应考虑专利的保护方式。
5 当地对违法侵权的查处力度
如果选择专利保护方式，则专利权利人必须公开该项技术，然后依靠国家法律防止和查处他人制造、使用、许诺销售、销售和进口专利产品或者使用专利方法，以及使用、许诺销售、销售进口依照该专利方法直接获得的产品等侵权行为。如果当地对违法侵权行为查处力度不够，则侵权人可以方便地根据专利公开信息实施违法侵权活动，不必承担违法的后果。在这种情况下，就不宜采用专利的防护方式，可考虑以自我保护为主的商业秘密保护方式。
6 职务发明人的稳定
如果所处地域或行业的职务发明人跳槽频繁，选择专利保护比商业秘密保护好，可以防止职务发明人跳槽后将职务发明的成果用个人名义或转让给他人申请专利。别人一旦将你的技术秘密公开出来，申请专利，就连你自己都不能免费使用了。
7 技术信息的基础地位
如果技术信息属于在某一领域具有开拓性、基础性、不可替代的地位，他人难以绕开专利技术进行周边发明，可以考虑专利保护；反之，如果技术信息对于竞争对手具有很高的启发性，使他人容易绕过专利技术进行周边发明时，会削弱自身的竞争优势，增强对手的竞争实力，应选择商业秘密保护方式。
8 技术信息的经济寿命
专利与商业秘密保护期限的不同，在选择保护模式时应将新技术是否具有长期市场价值作为考虑因素。如果新技术的生命周期比较短，而专利保护的申请批准周期较长，应考虑选择商业秘密的保护方式；如新技术的生命周期比较长，但不超过专利保护期限，则可考虑选择专利进行保护；如果技术的经济寿命很长，超出专利的保护期，例如基础技术或配方，往往会在很长一段时间内无法被其他技术替代，此时选择商业秘密保护更为有利。
9 经济价值大小程度
如果一项发明的适用范围广，市场需求量大，企业或个人竞相实施，则发明人应尽快申请专利，通过专利的排他独占性，维持其在市场上的垄断地位。如果一项发明适用范围很窄，市场需求量很小，实施后获利也不多，就不值得花费大量时间和资金去申请专利，因为维持一项专利的有效性，还必须向专利局缴纳维持年费。从企业利益考虑，对于经济价值低的科研成果不必选择专利保护而应选择商业秘密保护；而对那些经济价值高且市场需求量大的产品或技术应申请专利保护。
10 研发技术信息的目的
如果研发技术的目的主要是希望通过许可他人实施来获益，则不宜采取商业秘密形式保护，因这种情况下的保密成本与泄密风险都比较高。则应倾向于申请专利，以专利形式保护不仅有利于技术许可或转让的安全，还节约了保密成本。
如果权利人在寻求技术保护的同时，还意图通过宣传手段贬低、攻击、限制竞争对手，应选择专利保护。
11 专利申请的成功机率
我国专利法对授予专利规定了严格的三要件即新颖性、创造性与实用性。企业通常会有一些技术改进或革新等，但又不具备专利的条件。如果企业将这些改进或革新申请专利，需要在相关材料中公开所有发明环节、设计图纸甚至产品配方，而最终结果未被授予专利，那么该技术改进或革新将变成公知技术，任何企业均可任意使用。我国近几年发明专利申请获得批准的专利约为25%，也就是说国家现受理的专利申请大部分并未授予专利，因此，企业应事先分析该科研成果被授予专利的可能性，对于被授予专利可能性高的科研成果，可以选择专利保护，对于被授予专利可能性低的科研成果，宜采用商业秘密保护。申请专利过程中，技术成果一旦经实质审查后因缺乏“新颖性”或“创造性”而不授予专利权，由于实质审查前的公开程序，将导致相关技术同时失去商业秘密保护的可能性。
12 保密能力
因员工跳槽带走原公司商业秘密已成为商业秘密侵权纠纷的典型形态。如果某项技术的实施必须涉及企业的多数人员，加之企业保密能力有限，泄密的可能性将大大增加，此时，若采用商业秘密保护就不如申请专利保护更为安全。
13 技术内容的公开对发明创造应用性的影响
由于专利保护的前提是向社会公开发明创造，因此一项发明创造的公开会使该发明创造的应用受到损害或威胁，那么发明人或设计人就应当总可考虑是不是采用专利保护方法了。例如一项关于保险锁的发明创造，申请专利固然可以获得法律保护的专有权，禁止他人仿制，但是同时由于发明创造的技术内容公开，也会使盗贼知道保险锁的防盗原理，从而影响到保险锁的功能，降低其使用价值。
14 对于救济途径的考虑
不管实施专利或者是商业秘密保护，都存在被侵权的可能性。所以应当考虑到，对于该项信息技术，在受到侵权的时候，哪一种方式的救济成本更低，程序更快捷。由于知识产权的即时性，如果在很长一段时间后才得到救济的话，那么本身权利受到救济的隐性成本也就被忽略了。同时，如果是在全球范围内使用的话，还要考虑到有关的其他限制，如专利权的先用权、临时过境、强制许可等情况。故此，根据该项信息本身综合考虑救济途径也是选择知识产权制度所必须注意的问题。